Struktur organisasi LP Ma'arif NU menunjukkan hierarki dari Pengurus Cabang Nahdlatul Ulama Lamongan hingga ke tingkat satuan pendidikan di seluruh Kabupaten Lamongan.
Pengurus Cabang Nahdlatul Ulama
Lembaga Pendidikan Tingkat Kabupaten
Majelis Wakil Cabang NU
Lembaga Pendidikan Tingkat Kecamatan
SD • MI • SMP • MTs • MA • SMA • SMK
Pengurus Cabang Nahdlatul Ulama Kabupaten Lamongan sebagai induk organisasi Nahdlatul Ulama di tingkat kabupaten yang membawahi berbagai badan otonom dan lembaga, termasuk LP Ma'arif NU.
Lembaga Pendidikan Ma'arif NU tingkat kabupaten yang bertugas mengelola, membina, mengembangkan, dan mengoordinasikan seluruh satuan pendidikan Ma'arif NU di Kabupaten Lamongan.
Majelis Wakil Cabang Nahdlatul Ulama di tingkat kecamatan yang menjadi perpanjangan koordinasi organisasi Nahdlatul Ulama di wilayah kecamatan.
Lembaga Pendidikan Ma'arif NU di tingkat kecamatan yang membantu koordinasi, pembinaan, dan pendampingan satuan pendidikan Ma'arif NU di wilayahnya.
Seluruh lembaga pendidikan di bawah naungan LP Ma'arif NU, meliputi KB, TK/RA, SD/MI, SMP/MTs, SMA/MA, SMK, Pondok Pesantren, dan satuan pendidikan lainnya yang tersebar di Kabupaten Lamongan.